تیم‌های پایه

پرسپولیس در رده‌های سنی امید، جوانان، نوجوانان و نونهالان تیم داردتیم دوم

پیش از انقلاب

پرسپولیس پیش از انقلاب «تیم آماتورها» داشت. در جام باشگاه‌های تهران 1351، پرسپولیس رسماً با تیم آماتورهایش در جام شرکت کرد و در میان 16 تیم نهم شد. مهدی عسگرخانی، دروازبان آماتورهای پرسپولیس برجسته‌ترین بازیکن آن تیم بود که بعداً به تیم اصلی رسید، به ابومسلم فروخته‌شد و به تیم ملی ایران نیز دعوت شد

پس از انقلاب

در روز 28 شهریور 1385، محمدحسن انصاری‌فرد مدیرعامل آن زمان پرسپولیس با مدیرعامل باشگاه فوتبال سرخپوشان دلوار افزار توافقنامه‌ای امضا کرد که بنابر آن، تیم فوتبال سرخپوشان تیم دوم پرسپولیس می‌شد. پس از پایان آن فصل بهادر عبدی و فرهاد خیرخواه (آقای‌گل دسته یک) که در سرخپوشان بازی می‌کردند به پرسپولیس پیوستند. پس از تغییر مدیرعامل پرسپولیس رابطه? دو باشگاه کمرنگ شد و باشگاه پرسپولیس به برخی تعهدات خود عمل نکرد در آبان 1387 امتیاز باشگاه سرخپوشان به باشگاه دیهیم اهواز واگذار شد پس از آن پرسپولیس تا حدود یک سال تیم دومی نداشت،اما در آبان 1388 «تیم ب پرسپولیس» راه‌اندازی شد.

تیم زنان

پرسپولیس پیش از انقلاب تیم زنان داشت. آن‌ها پس از تاج و به همراه دیهیم و عقاب از پیشگامان فوتبال زنان در ایران بودند در تابستان 1387، رئیس کمیته بانوان فدراسیون فوتبال ایران از این باشگاه درخواست کرد تا در لیگ شرکت کند. در اواخر همان سال، پرسپولیس امتیاز تیم زنان پیکان را در اختیار گرفت و در لیگ شرکت کر در فروردین 1388 تیم فوتسال زنان پرسپولیس به مقام سوم غرب آسیا رسید